On sait peu de choses sur l’ancienne église de Clairegoutte , dont l’origine remonterait au 12ème siècle. On dit qu'elle est bâtie sur les ruines d’un ancien temple païen.
L’angle nord-est de l’édifice laisse deviner une niche destinée à une statue ; quand à la façade ouest, elle a un caractère roman très marqué.
Cette église est rénovée en 1734, puis un clocher de pierre est bâti en 1777 en remplacement de deux clochers en bois. Son emplacement est particulier, au milieu de la façade qui regarde le village et non à l’une des extrémités de la nef comme le veut la coutume. Les fenêtres, de forme rectangulaire, s’inspirent de celles de l’église luthérienne Saint-Martin de Montbéliard, dans le style de l’architecte Schickhardt.
Une galerie intérieure, de type wurtembourgeois sur colonnes de chênes, fait presque le tour de l’édifice. Construite au 18ème siècle pour les fidèles de Frédéric-Fontaine, elle entraîne l’obturation de la rosace du chœur. Lors de la restauration de l’église entreprise en 1966-67, cette rosace est rehaussée et dotée d’un vitrail d’Etienne Lovy. L’ancien autel du 13ème siècle qui ornait le jardin du presbytère, fut retaillé et réinstallé comme fonts baptismaux.
L’autel actuel est doté d’une croix de chêne de Hongrie incrustée d’émaux de Limoges exécutés par Georges Deloraine. La chaire du 17ème siècle, inspirée de celle où Martin Luther prêchait, fut aussi restaurée d’après un dessin de Cranach.
Enfin, la belle montée d’escaliers de grès, fermée de grilles, fut entièrement rebâtie en 1990, donnant à l’ensemble un caractère majestueux.
